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制藥工業屬于精細化工，可細分為發酵類制藥工業、化學合成類制藥工業、提取類制藥工業、中藥制藥工業、生物工程類制藥工業以及混裝制劑類制藥工業。不同種類的藥物采用的原料種類和數量各不相同，一般生產一種藥物往往要經過幾步甚至十幾步反應，使用原料數種甚至十余種。在醫藥的生產過程中，往往需要將生物、物理和化學等諸多工藝進行綜合，一次制藥產生的廢水量大，組成成分復雜，污染危害大。制藥廢水的主要特征為：廢水中有機污染物種類多、COD和BOD值高，含鹽量高和NH4+-N濃度高、色度深且具有一定生物抑制性等特征，相對于其他有機廢水來說，處理難度較大。
制藥工業廢水按醫藥產品特點和水質特點可分為四大類：
1、合成藥物生產廢水。該類廢水的水質、水量變化大，大多含難生物降解物和微生物生長抑制劑。
2、生物法制藥廢水。生物法制藥廢水（一般指抗生素和部分維生素）根據其生產特點可分為提取廢水、洗滌廢水、維生素C生產廢水和其他廢水，其中提取廢水的有機物濃度和抑菌物質較高，為該類廢水的主要污染源，屬較難處理廢水。
3、中成藥生產廢水。中成藥廢水一般為輕度污染廢水，主要來自藥材的清洗和浸泡工序，以及機械的清洗水，炮制工序的其他廢水。
4、各類制劑生產過程中的洗滌水及沖洗水。制劑生產廢水一般污染程度不大，主要包括原料洗滌水、原藥煎汁殘液和地面沖洗水。
